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DNA存儲技術新突破!一只3D打印兔子,向我們展現了“萬物皆硬盤”的未來

放大字體  縮小字體 發布日期:2019-12-12  來源:來自互聯網  作者:來自互聯網  瀏覽次數:379
導讀

最近,一個歐洲科學家團隊宣布已經成功找到了一種將DNA基本上存儲在任何物體中的方法——通過編碼說明在兔子本身中創建3D打印塑料兔子的方法,證明了這種能力。 DNA實現數據存儲的優勢是很明顯的,這…

人類正在以驚人的速度創建數字數據——專家預測,到2020年,我們每秒鐘將為地球上的每個人平均產生1.7兆字節的數據。

如今,大多數數據通常以1和0的形式存儲在通常基于磁或光的系統(例如硬盤或DVD)上。考慮到這些系統的最大使用壽命約為一個世紀,而且與人類產生的大量數據相比,每個設備可以存儲的數據量很小,因此這遠非理想狀態。 在這一背景下,DNA被提出用作有效、靈活實現長期存儲的解決方案。近年來,DNA數據存儲研究已經成為國內外大公司(如微軟)關注的一大方向。

過去的研究表明,可以將二進制代碼的1和0轉換為DNA的As,Ts,Cs和Gs,然后創建包含該代碼的人工DNA分子。

每個生物都包含提供其存在代碼的DNA, 現在無生命的物體也可以具有該代碼,從而實現“復制克隆”。

最近,一個歐洲科學家團隊宣布已經成功找到了一種將DNA基本上存儲在任何物體中的方法——通過編碼說明在兔子本身中創建3D打印塑料兔子的方法,證明了這種能力。

周一發表在《自然·生物技術》雜志(Nature Biotechnology)上的這項研究中,研究人員首先編碼了該兔子在DNA中的印刷說明。然后,他們將DNA包裹在玻璃納米珠中,并將珠添加到用于3D打印兔子的塑料中。

研究人員羅伯特·格拉斯(Robert Grass)稱:“像真正的兔子一樣,我們的兔子也有自己的DNA藍圖。”

科學家以一種超前瞻的方式展示了該技術。他們將一種名為 “斯坦福兔子”(Stanford Bunny)的計算機圖形測試模型的藍圖編碼為DNA兼容格式,這是3D計算機圖形學中最常用的測試模型之一,也是首只DNA存儲數據的兔子。該兔子總共包含3.7億個描述其輪廓的數據文件副本,相信做3D打印的人都見識過這個模型了。

在打印了第一個兔子之后,研究人員用物理方法將兔子的耳朵剪掉了,并提取了含有DNA的珠子。“只需要很少的數量,” Erlich說,“DNA稀疏,但無處不在。”然后,他們使用DNA測序儀對指令進行解碼,并將其轉換回二進制.stl文件,從而產生用于打印兔子的數字指令。這只兔子三維結構的數據以雙鏈DNA結構的形式內置在打印材料中。這樣他們就可以創建另一個帶有含DNA納米珠的小兔子,然后再創建另一個……直到他們制造出五代相同的兔子。

總體而言,研究人員產生了五代兔子,每次都剪下前一代的片段,并對DNA進行解碼以獲取打印下一個克隆的說明。在這一過程中,沒有信息丟失,封裝了從前一代擴增到下一代的DNA,即使在相隔9個月的第四代和第五代之間,DNA藍圖也保持穩定。

上圖解釋了塑料兔子的3D打印與解碼原理 (圖源:Nature Biotechnology)

研究團隊將這一解碼程序稱為 “DNA噴泉”(DNA Fountain),這使得他們可以在丟失多達80%DNA數據的情況下,仍然可以借助檢索.stl文件恢復物體原貌。該程序的算法會根據可用信息填充空白,例如解決數獨難題。

通過編碼和解碼,這只兔子模型實現了其自身數據的DNA存儲和傳遞。推而廣之,世界萬物皆可實現 DNA 存儲。“通過這種方法,我們可以將3D打印指令集成到一個對象中,這樣幾十年甚至幾個世紀之后,就有可能直接從對象本身獲取這些指令。”

這意味著從現在開始的一千年,一個人就可以只用一塊兔子來解碼其中存儲的DNA,并確切了解小飾品的外觀,甚至通過3D打印“克隆”出來。

DNA實現數據存儲的優勢是很明顯的,這讓它成為了這一研究領域的寵兒: 幾乎任何種類的數字信息都可以存儲在DNA中,而且它不像硬盤、二維碼這些方案一樣需要固定的形狀和格式。 一克DNA可以存儲十億兆兆字節約215PB的數據,并可以保存數千年。按照高清電影每部10GB算,1克DNA能夠存儲 2.2 億部電影!

但另一方面我們應當注意到, 成本高、時間效率低是DNA數據存儲應用普及的“攔路虎”:Yaniv Erlich制作那只兔子的成本大約就要14000元,而且從編碼到解碼需要花費幾十個小時。而且,DNA是一個脆弱的分子,高溫、強烈的pH波動和紫外線都會使其變質,從而降低其編碼信息的質量。

保持其化學結構是實現任何DNA數據存儲夢想的關鍵。研究人員率先提出了一種在微小的保護性玻璃殼內捕獲DNA分子的方法。在2013年,研究人員Yaniv Erlich想出了如何制造帶正電荷的二氧化硅顆粒,使其附著在帶負電荷的DNA上的方法。它們會形成一層薄膜,可以保護分子免受多種威脅。幸運的是,他們利用這種技術設計了一種具有自身DNA記憶的材料生產工藝,就像人類自己體內的細胞一樣。

不過最終,研究人員們相信自己的 “萬物DNA”(DNA-of-things,DoT)存儲形式可用于將數據嵌入無數個物理對象中——與現在的硬盤驅動器和磁盤相比,其保存時間更長。研究人們指出,“萬物DNA”的概念能夠將秘密信息隱藏在物體中,甚至隱藏在其他類型的數字文件中,甚至可以成為邁向自我復制機器的重要一步。

也許它將使將來考古學家的工作變得容易得多。想象一下,如果一堆古老的陶器產生了制作整個船只復制品的信息,那該多么讓人興奮!

 
 
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