第一，營養成分。

水溶肥料指完全可溶于水的復合型肥料，形態主要分固體和液體，養分含量分為大量元素、中量元素和微量元素水溶肥料，市場上也普遍存在含氨基酸、腐植酸等功能性水溶肥料。

水溶肥不僅種類較多，而且配比多樣，如氮磷鉀配比均衡的平衡型肥料、高氮肥、高鉀肥和高磷肥等，同時肥料本身還包含對不同作物生長起關鍵作用的各種中微量元素。

而傳統的復合肥雖然都是包含兩種及兩種以上元素的肥料，但主要成分僅為氮磷鉀，配方及營養元素相對單一。

第二，方法用量。

水溶肥的使用區域較為廣泛，幾乎適用于我國各個地區，采取的施用方法主要為葉面噴施、膜下滴灌、根部沖施及山地噴灌等，可針對不同地域種植環境的特點制訂最佳的施用方法，而不像復合肥一樣必須完全用于種植作物的土壤下面。

第三，作用效果。

水溶肥主要作為作物的追肥來使用，與其他傳統追肥如尿素的不同點在于水溶肥是速效型肥料，作物吸收速度較快，但施用之后效果的持續時間較為短暫，僅適合作物生長期間的需肥高峰期，而復合肥一般是作為種植底肥和追肥來使用。