西北的準噶爾部，自崛起之后，一直都是清朝的心腹大患。康熙在位時，曾三次御駕親征，雖打敗了準噶爾部首領噶爾丹，但沒能徹底解決準噶爾問題。
噶爾丹被平定后，準噶爾部的權力由策旺阿拉布坦掌握。策旺阿拉布坦是噶爾丹的侄子，但其野心絲毫不亞于噶爾丹，他無視清廷的警告，多次制造邊境爭端，禍亂西域，于是便有了康熙晚年派遣胤禵為撫遠大將軍之事。但康熙采取的是防御性策略，結果就是胤禵只將準噶爾勢力逐出西藏，威脅沒有解除。
雍正剛繼位時，對外的重點是處理與羅卜藏丹津的矛盾，對準噶爾問題也暫時放到一邊，還將防守準噶爾的軍隊撤回內地。策旺阿拉坦也表示出誠意，派遣使者進京談和，形勢有所緩和。
雍正二年，羅卜藏丹津兵敗后，逃往準噶爾，策妄阿拉布坦將其接納，這就使西北問題復雜化了。雍正既擔心羅卜藏丹津東山再起，又擔心準噶爾利用羅卜藏丹津再次反叛并趁機入侵西藏，更擔心他們聯合沙俄擾亂西北。
雍正派遣使者索取羅卜藏丹津，策旺阿拉布坦拒不交出。因為這件事，清朝與準噶爾關系再次惡化，雙方繼續對峙。
隨著內部的穩定，國庫逐漸充盈，胤禵、胤禩等對手也被清理，雍正有機會騰出手來，專注解決準噶爾問題。雍正五年，策妄阿拉布坦去世，噶爾丹策零繼位，向雍正申請入藏為其父“設供”。雍正非常擔心噶爾丹策零有不法舉動，因而將其拒絕，雙方的矛盾也公開化。
經過兩年的儲精養銳，雍正任命傅爾丹為靖便大將軍，率兵三萬兩千出師北路，進攻阿爾泰；任命川陜總督岳鐘琪為寧遠大將軍，率兵三萬六千人出西路，進軍巴里坤。兩路大軍，于雍正五年五月啟程，拉開了雍正征討準噶爾的序幕。
西北用兵，比拼的不僅是戰場勝負，對后勤也是一個巨大考驗。游牧民族騎兵作戰，機動性比較高，戰爭消耗比較小，甚至可以以戰養戰。
對農耕文明而言，后勤的成本遠高于游牧文明，司馬遷曾記載，漢武帝運三十石糧食去西域，只有一石可以當作前線士兵的糧餉，因為來回時間長，大多都被運輸人員消耗。雍正朝的軍糧運輸問題，也好不到哪兒。
在宣戰前，雍正還只能“低調”地運送，他命令田文鏡準備三千匹駱駝和騾子，交給岳鐘琪。但是，用駱駝、騾馬運送糧草，又容易被對方機動性更高的準噶爾截取。岳鐘琪就提議用車戰，即建造長五尺、寬二尺的戰車，一個人推送，四個人護送，行軍時車上裝滿補給，駐防時用車作為軍營屏障。雍正采納其建議，對此表示滿意。
經過排兵布陣，軍糧運輸，雍正認為準備好了，可以找準噶爾攤牌了，就在雍正七年二月發布圣旨，對準噶爾一通亂罵，說噶爾丹策零如何忘恩負義，絲毫沒有悔改之意，出兵討伐是為了完成康熙未竟的事業，如不將其徹底平定，將來危害甚大。
這時，叛逃的羅卜藏丹津想謀害噶爾丹策零，但最終失敗被抓。噶爾丹策零是一個十分狡猾之人，他利用這件事拖延時間，派遣使者去京城，告訴雍正，已將羅卜藏丹津抓獲，愿意獻給大清，希望朝廷不要出兵。
岳鐘琪對噶爾丹策零的誠意表示懷疑，但雍正卻認為事情可信，就下令先不要進軍。準噶爾乘機出兵兩萬，進攻科舍圖的清軍，奪走牲畜無數，清軍主帥查廩倉皇出逃。
此戰，清軍損失慘重。參贊大臣紀成斌準備處決查廩，幸虧被及時趕到的岳鐘琪救下。但查廩恩將仇報，反咬一口，上密折彈劾岳鐘琪。
科舍圖遇襲，雍正開始不信任西路軍，甚至懷疑岳鐘琪。雍正九年三月，任命都統伊里布為副將軍，開始監視岳鐘琪；五月，再派石云倬前往西路軍，進一步牽制岳鐘琪；后又派查郎阿取代岳鐘琪川陜總督的位置。用人不疑，疑人不用，當前線主帥被雍正處處掣肘，將領頻繁更換時，必然會出現軍心不穩，進一步削弱戰斗力。
噶爾丹策零得知西路軍缺乏牲畜，后勤保障出問題，一時半會難以主動出擊，于是，他僅留少部分兵馬牽制西路軍，親率三萬兵馬，進攻北路軍。
北路軍統帥傅爾丹聽信噶爾丹策零散布的假情報，以為準噶爾內部分裂，來的只有一千多老弱病殘，倉促應戰且孤軍深入，結果被準噶爾“包了餃子”，丟盔棄甲而逃。
這時，軍機處的弊端暴露無遺，將領沒有相機行事之權，更不能隨意出兵。岳鐘琪請求進攻烏魯木齊，以分散敵人勢力。雍正批準后，岳鐘琪從巴里坤出發，兵分三路進攻烏魯木齊，還好大獲全勝，稍微扭轉戰局。
雍正十年二月，準噶爾進攻哈密。當時的岳鐘琪駐守巴里坤，得知消息后馬上下令出擊，并命石云倬切斷敵軍后路。石云倬對岳鐘琪的命令不以為然，進展緩慢，等他到達時，被擊退的準噶爾軍早已逃脫。
北部戰線這邊，喀爾喀蒙古親王會同順承郡王錫保夾攻敵人，準噶爾大敗，但北路軍新任統帥馬爾塞卻不配合出戰，導致噶爾丹策零逃脫。
雍正十二年，準噶爾已無力再戰，遣使求和。朝廷勞師糜資，收效不大，雍正只好同意議和。
秋媚說：這場戰爭，看似平局，從損失上來看，清廷是失敗的。失敗的主要原因，在于雍正，他不明敵情，結果中了敵人的緩兵之計。他成立的軍機處，雖然起到皇帝集權的作用，但如同一頂將領頭上的“緊箍咒”，排兵布陣都需要皇帝同意，前線將領的自主權也因此而喪失。此外，雍正本人對前線將領的不信任，安排岳鐘琪卻又讓人制衡他，導致戰爭效率低下，難以及時把握戰機。
