中國人自古以來就有祭祀祖先的習慣，三皇一直被視為中國人的祖先，為歷代帝王所景仰；而先代帝王，則是后代借鑒和效法的榜樣，所以也要祭祀。

古代祭奠歷代帝王廟規定是每年春秋仲月上旬甲日。

明初于歷代帝王廟祭祀的帝王和從祀的名臣形成定制。朱元璋曾親自到廟中祭祀先代帝王16位。洪武二十一年（1388年），朱元璋詔諭以歷代名臣從祀。禮官遵旨擬定了三十六人的名單， 經朱元璋審查并剔除、增補后，遂定：

三皇：風后、力牧

五帝：皋陶、夔、龍、伯夷、伯益

商朝：伊尹、傅說

周朝：魯周公姬叔旦、燕召康公姬奭、齊太公姜尚/子牙；召穆公姬虎、方叔

漢朝：張良/子房、蕭何、曹參、陳平、周勃；鄧禹/仲華、馮異/公孫；諸葛亮/孔明

唐朝：房喬/玄齡、杜如晦/克明、李靖/藥師、郭子儀、李晟/良器

宋朝：曹彬/國華、潘美/仲詢；韓世忠/良臣、岳飛/鵬舉、張浚/德遠

元朝：木華黎、博爾忽、博爾術、赤老溫、伯顏

從祀于歷代帝王廟東、西兩廡。

朱元璋還在中都鳳陽建有一座歷代帝王廟；在北平城金城坊修建一座元世祖忽必烈廟，專祀元世祖忽必烈。

在祭祀的16位帝王中，朱元璋對漢高祖劉邦尤為特殊。

劉邦與朱元璋起事之時，都是最底層的普通人。他們之所以反抗，劉邦因押送的戍卒多數逃跑，犯了秦朝的法，不反也要被判刑，而朱元璋則因吃不起飯，不反就是餓死，都是被逼無奈，沒人想著要當皇帝。之所以做了皇帝，那叫陰差陽錯。

在歷代帝王廟竣工之后，首次祭祀，朱元璋親自主持，他端著酒走到劉邦像前，說“劉君，今日廟中諸君當時皆有所馮籍以得天下，惟予與汝不階尺土一民，手提三尺致位天子，比諸君尤為難事，可多飲二爵?！?/p>