女性在進行肛門灌腸的時候一定要注意不能使用對腸粘膜有腐蝕作用的藥品，并且灌腸頭在插入肛管的時候，手法要輕，避免動作粗魯擦傷直腸黏膜。

如果本身有痔瘡的話，應當慎重考慮灌腸這種治療方法，最好還是不用。如果女性是在月經期、妊娠期，尤其妊娠早期禁止灌腸。

灌腸的時候盡可能的保持頭低足高的臥位，液體平面距離肛門約30厘米左右，灌腸的最佳時間是晚上睡覺以前。而且灌完藥水以后，要繼續躺在床上30分鐘左右，以利于藥物吸收。

灌腸的時候要注意一下藥液的溫度，要控制在38－39度之間，過高過低都是不合適的，因為如果過低的話，會使腸蠕動增強引起腹痛的癥狀，如果藥液溫度太高有可能燙傷腸粘膜或者造成腸管的擴張，而且在腸道保留不了。

在灌腸過程中，如果患者出現心慌氣促等癥狀，要立即停止灌腸并且平臥，避免意外發生。