黑水城始建于西夏時(shí)期，位于河西走廊的北端，今內(nèi)蒙古自治區(qū)額濟(jì)納旗達(dá)賴庫布鎮(zhèn)東南約25公里處的荒漠中，歷史上這里曾是一片宜農(nóng)宜牧的綠洲。當(dāng)時(shí)西夏王朝在這里筑城設(shè)防，設(shè)置了“黑水鎮(zhèn)燕軍司”，發(fā)展到元朝時(shí)，忽必烈進(jìn)行了擴(kuò)建，在此設(shè)置“亦集乃路總管府”。這是一座用黨項(xiàng)人語言命名的城市，西夏語稱黑水為“額濟(jì)納”，黑水城就是額濟(jì)納城，蒙古語則稱為“哈拉浩特”。

元朝滅亡以后，昔日的綠洲被沙漠吞噬變成荒漠，黑水城也就成為了一座廢城。黑水城在夏元時(shí)期繁榮穩(wěn)定發(fā)展了350余年，留下了大量珍貴的文獻(xiàn)，因黑水城極度干旱的內(nèi)陸性沙漠氣候，使得埋藏在地下荒漠中的文獻(xiàn)得以保存下來，這就是揚(yáng)名海內(nèi)外的“黑水城文獻(xiàn)”，直到20世紀(jì)才被發(fā)現(xiàn)。

1908年，俄國皇家地理學(xué)會會員科茲洛夫受沙皇指派來到中國，此時(shí)的中國正處清朝末期，政治十分腐敗?？破澛宸蚵赎?duì)來到西夏黑水城遺址，買通當(dāng)?shù)氐那逭賳T，獲得了在中國的文物發(fā)掘權(quán)。在黑水城遺址，他們挖掘出大批西夏文獻(xiàn)，運(yùn)回了當(dāng)時(shí)俄國的首都圣彼得堡，此時(shí)俄國的專家們還無法認(rèn)識這批文獻(xiàn)中的西夏文字，但推測這種文獻(xiàn)應(yīng)該具有很大的科學(xué)價(jià)值，所以指令考察隊(duì)回黑水城繼續(xù)挖掘。

1909年，科茲洛夫率隊(duì)再次進(jìn)入黑水城遺址，對黑水城進(jìn)行了更為廣泛的挖掘。在這個(gè)時(shí)候，他發(fā)現(xiàn)了城外的一座佛塔，打開以后，里面藏著大量的藏書、經(jīng)卷、畫像等古書。兩次挖掘，科茲洛夫獲得8000多號文獻(xiàn)，近千件藝術(shù)品，取得了舉世聞名的重大發(fā)現(xiàn)。這些文獻(xiàn)資料現(xiàn)存放在俄羅斯科學(xué)院東方學(xué)研究所圣彼得堡分所，文物藝術(shù)品則存放在愛爾米塔什博物館。值得注意的是，科茲洛夫雖然在黑水城文獻(xiàn)的挖掘上取得巨大成功，可是兩次挖掘，他都沒有事先計(jì)劃，沒有詳細(xì)地記錄當(dāng)時(shí)的文物及其出土地點(diǎn)，致使文物處于雜亂無章的狀態(tài)，后人無從追溯。

1914年，英國探險(xiǎn)家斯坦因也來到黑水城進(jìn)行考古活動。他從黑水城里的寺廟和廢棄的佛塔里發(fā)現(xiàn)了大量的西夏寫本，其中包括西夏文寫本1100件，西夏文印本300件，漢文寫本59件、印本19件，吐蕃文寫本13件。此次挖掘成果頗豐，現(xiàn)藏于英國國家圖書館東方部和印度事務(wù)部，數(shù)量達(dá)4000號以上。

值得一提的是，斯坦因的發(fā)掘與科茲洛夫不同，他在挖掘的過程中，還是比較嚴(yán)格地遵守了考古挖掘的程序，在挖掘過程中做了詳細(xì)的記錄，以至于后人可以追溯他的挖掘過程。也可以說斯坦因的發(fā)現(xiàn)是對當(dāng)初科茲洛夫的挖掘成果的一種補(bǔ)充。

1924年，美國華爾納到黑水城進(jìn)行發(fā)掘，撰寫出《遙遠(yuǎn)的中國之路》（TheLongRoadinChina）。

1927年，由瑞典人斯文赫定和中國北京大學(xué)教務(wù)長徐炳昶組成中瑞西北科學(xué)考察團(tuán)，兩人共同擔(dān)任團(tuán)長，考察了以黑水城為中心的額濟(jì)納河下游地區(qū)。在這一次的考察活動中，中方的考察人員黃文弼發(fā)現(xiàn)了許多殘片，現(xiàn)在也收藏在中國社會科學(xué)院考古研究所，這可以說是中國人第一次參與考察黑水城遺址。

新中國成立以后，國內(nèi)對黑水城遺址進(jìn)行了多次考察。1962年和1963年，內(nèi)蒙古文物工作隊(duì)先后兩次派人員對黑水城遺址進(jìn)行考古發(fā)掘，于1963年秋挖掘到少量文書，現(xiàn)收藏于內(nèi)蒙古文物考古研究所。

1978年，甘肅省博物館與中國科學(xué)院沙漠研究所等單位聯(lián)合到黑水城遺址進(jìn)行了考察，1979年，甘肅省文物工作隊(duì)在黑水城內(nèi)獲得少量文書，兩次發(fā)掘到的文書一同收藏在甘肅省博物館。1983年和1984年，內(nèi)蒙古自治區(qū)的文物考古研究所和阿拉善盟的文物工作站組成考古隊(duì)，先后兩次對黑水城遺址進(jìn)行了大規(guī)模挖掘，出土近3000件文書，其中漢文文書達(dá)2200余件，還有西夏文、畏兀兒體蒙古文、巴斯八字、藏文、古阿拉伯文等其他民族文字的文書，現(xiàn)分藏于內(nèi)蒙古自治區(qū)文物考古研究所、阿拉善盟博物館和額濟(jì)納旗文物管理所，這是中國考古工作者第一次對黑水城遺址進(jìn)行全面、系統(tǒng)、科學(xué)的考古發(fā)掘。