1898 年 7 月 3 日，光緒帝批準了由梁啟超代為起草的《奏擬京師大學堂章程》，正式創辦京師大學堂，并任命吏部尚書、協辦大學士孫家鼐（nài）為首任管理大學堂事務大臣（管學大臣），許景澄任中學總教習，美國傳教士丁韙（ wěi ）良任西學總教習。京師大學堂的建立在中國近現代史上具有劃時代的意義，標志著中國近現代高等教育的開端。 1912 年 5 月，京師大學堂更名為北京大學，旋即冠“國立”，是中國歷史上第一所冠名“國立”的大學，嚴復出任北京大學首任校長。
1917年1月3日，國立北京大學貼出告示：“蔡新校長定于本月四日上午十時到校視事，此示。”兩天后，蔡元培正式以北大校長身份登上歷史舞臺，開啟了這位教育家一生中最為輝煌的北大十年。他“循思想自由原則、取兼容并包之意”，進行思想解放和學術繁榮，北大從此日新月異。
蔡元培，字鶴卿，又字仲申、民友、孑（jié）民，乳名阿培，并曾化名蔡振、周子余，他是浙江紹興府山陰縣（今浙江紹興）人。 蔡元培老先生堪稱我國近代教育界“教父”級別的人物，毛主席評價他為“學界泰斗，人世楷模”。蔡先生是教育家、革命家、政治家，也 一位值得我們尊敬、懷念的老師、長者。1916年至1927年蔡元培任北京大學校長，革新北大，開“學術”與“自由”之風；蔡元培提倡民權與女權，倡導自由思想，致力革除“讀書為官”的舊俗，開科學研究風氣，重視公民道德教育及附帶的世界觀、人生觀、美學教育。他早年參加反清朝帝制的斗爭，民國初年主持制定了中國近代高等教育的第一個法令——《大學令》。
1917年1月4日，新校長蔡元培邁進國立北京大學校門那一刻，就震驚全校。與以往不可一世的校長不同，蔡元培脫下禮帽，謙遜地向迎接他的校役們鞠躬。蔡元培的低調深得人心，于是北大有了中國大學史上最輝煌的名師陣容。既有主張新文化運動的領袖人物胡適、陳獨秀、魯迅，也有主張恢復帝制的辜鴻銘、劉師培。蔡元培聘請全國一流的專家、學者任教授與講師；教授年輕化，絕大多數都在30歲左右，最年輕的僅24歲；百花齊放，百家爭鳴，聘請教員只問學問、能力，不問思想、派別。1917年的北大，有這樣一群教授，梁漱溟24歲，胡適26歲，劉半農26歲，周作人32歲，陳獨秀38歲。
1917年擔任北京大學校長后，蔡元培在就職演說中將改造北京大學圖書館作為首先需要解決的問題。為此，他開展了對圖書館的改革。首先是聘請有真才實學的專家學者管理圖書館。他到校任職僅一年，即1918年1月，就聘請李大釗為圖書館主任，以此來管理圖書館。另外，蔡元培還想方設法多購新書，充實館藏。由京師大學堂演變而來的北大圖書館，多年來積累的圖書只有十來萬冊，且多為線裝古籍。蔡元培要求圖書館以采購新書為重點，以適應“世界之學術，日新月異”的要求。圖書館一方面買來不少外文書，包括一些馬克思主義書刊，同時也還搜求古書，學校成立國文研究所。廣收書籍，必然需要不少費用，而北洋軍閥政府不以教育事業為重，不但辦學經費極其有限，而且還經常拖延不發。蔡元培只好四處奔走，通過向國內外“各方面捐款”的途徑，廣為籌集資金。
蔡元培作為近代中國文化界的卓越先驅者，其著名的文化思想和學術觀點，曾對中國的歷史進程發生過重要的影響。蔡元培任北京大學校長時提出的“兼容并包”的學術思想，不僅成為他主持北大教育工作的重要指導思想，同時也是他所堅持的辦學原則。此思想提出后，一批具有新文化、新思想的代表人物進入北大，北大因此而成為中國思想活躍、學術興盛的最高學府。因此，“兼容并包”思想在接納新文化、反對封建文化方面起到了積極作用。
蔡元培就任國立北京大學校長時，對于大學性質探討有著自己的見解。他認為大學應當成為研究高深學問的學府，這是蔡元培辦學的指導思想，也是他大學教育思想的出發點。早在1912年5月16日，他以教育總長身份出席北京大學開學典禮，在演說中就提出“大學為研究高尚學問之地。”在擔任北京大學校長后。他更是反復申述這一思想。
蔡元培曾說過，“教育并不專在學校，學校以外，還有許多機關。第一是圖書館。凡是有志讀書而無力買書的人，或是孤本、抄本，極難得的書，都可以到圖書館研究。”在蔡元培看來，學校以外的教育，圖書館排在第一，“其次是博物院”。其實，蔡元培很早就關注博物館，1902年他曾攜家人參觀中國境內最早建立的博物館——法國傳教士韓伯祿創建的徐家匯博物館。1907年6月，蔡元培赴德國留學，并于次年進入萊比錫大學，在學習的過程中，蔡元培對博物館的作用留下了深刻印象。早在蔡元培任教育總長期間，他就開始了成立博物館的嘗試。1912年7月，以“搜集歷史文物，增進社會教育”為宗旨的國立歷史博物館籌備處在北京國子監成立，這就是后來中國歷史博物館（如今中國國家博物館）的前身。
2020年，北京大學已經走過了122年的歷史。 長期以來，北京大學始終與中國和中國人民共命運，與時代和社會同前進，是培養和造就高素質創造性人才的搖籃，恰如蔡元培先生所言： “大學者，囊括大典，網羅眾家之學府也……此思想自由之通則，而大學之所以為大也。 ”
