《明史》記載，天啟七年(1627年)八月十一日，熹宗皇帝遺詔皇位由信王朱由檢繼承，11天后的農歷八月二十二日，熹宗皇帝駕崩，朱由檢隨后即位。

朱由檢登基后，已然感覺到了大明王朝內外的重重殺機，他不敢吃宮中的食物，因為朝廷內外包括他身邊的太監和宮女，絕大部分都是魏忠賢安排的手下，因此只能偷偷吃自己藏在袖中的餅子；晚上，少年皇帝甚至命令將大殿和寢宮的蠟燭全部點亮，因為他擔心，黑暗處不知道是否藏匿著企圖刺殺他的奸賊。

在昭告天下的《即位詔》中，朱由檢說：“朕以沖人(幼齡)統承鴻業。祖功宗德，惟只服于典章；吏治民艱，將求宜于變通。”

吏治，是他即將開刀的第一步，而開刀的對象，無疑就是魏忠賢。

崇禎，一開始表現得非常隱忍，表面上對魏忠賢畢恭畢敬，暗地里卻開始一步步地清除身邊的閹黨勢力。

他先是遣散了身邊一些來路不明的人員，然后新選了一些宦官入內侍奉自己。接著，他又命令魏忠賢的閣臣黃立極辭歸鄉里，然后又讓李朝欽等一幫魏忠賢的心腹以“乞休”的方式去職，魏忠賢感覺不妙，便試探著跟小皇帝朱由檢說，要辭去東廠提督一職，但崇禎卻故意沒有答應，仍然極力“挽留”了“廠公”。

從內到外，崇禎開始層層抽絲剝繭，一點點地清除魏忠賢的勢力。有條不紊，步步推進，也使得朝中一些投靠魏忠賢的墻頭草們發生了分化。

眼看新皇帝可能要清剿朝政，新任的南京通政使楊所修以及吏科都給事中陳爾翼揣度著小皇帝的意思，于是上疏彈劾魏忠賢的老部下、兵部尚書崔呈秀，但崇禎對此暫時壓了下來。不久，原來跟隨魏忠賢卻沒有受到重用的云南道御史楊維垣也連連上書，斥責崔呈秀“內諛廠臣，外擅朝政，貪淫橫虐”，由此掀開了一場朝臣攻擊魏忠賢勢力的輿論風暴。

崇禎的策略是，他自己看似不動，暗地里卻鼓勵那些反對魏忠賢的朝臣們，以及利用魏忠賢原來的心腹們，來發起一場討伐魏忠賢罪孽的群眾運動。

而那些多年來被魏忠賢一伙壓制迫害的東林黨人和民眾們，也紛紛開始爆發了，大量的奏疏如雪片般紛紛進呈，其中貢生錢嘉徵更是上疏歷數魏忠賢有“并帝”、“蔑后”、“弄兵”、“朘民脂膏”等10大罪。

崇禎讀了心里為之震動，隨即召來魏忠賢，讓侍者一條條讀給魏忠賢聽，并且每讀一句，就斥問魏忠賢說，“這是在說什么?”弄得魏忠賢只能跪在地上不停磕頭，不知如何辯解。

魏忠賢心里大懼。

原本，他就是個不識字、沒文化的街頭混混，中年無奈被迫自宮當太監，沒想著因為勾搭上了熹宗皇帝的奶媽，乃至飛黃騰達，權力來得太快，他心里并沒有多大的準備，因此對于皇權，他始終還是有著畏懼心理的，這一番崇禎皇帝的步步奪權、緊逼，使得魏忠賢不由得手足無措，不知如何是好。

于是，魏忠賢緊急找到崇禎皇帝身邊的老太監徐應元，請求他代為向崇禎求情，并假裝要告罪辭職。沒想到的是，崇禎卻順水推舟，批準了魏忠賢辭職，并迅速任命自己的手下控制了東廠、錦衣衛以及京城中的巡防等要職，并將兵部尚書崔呈秀等魏忠賢的黨羽逮捕下獄，罷免閹黨勢力的工部尚書吳淳夫等人官職，由此迅速掌握了朝中大權。

天啟七年(1627年，朱由檢到1628年才改年號為崇禎)，農歷十一月初一日，僅僅登基才2個來月的崇禎皇帝下發詔書稱：“朕覽諸臣屢列逆惡魏忠賢罪狀，俱已洞悉·····忠賢不報國酬遇，專逞私植黨，盜弄國柄，擅作威福，難以枚舉····本當寸磔(凌遲處死)，念梓宮(熹宗皇帝靈柩)在殯，姑置鳳陽····家產，籍沒入宮。其冒濫宗戚(黨羽)，俱煙瘴永戍(貶戍)。”

至此，魏忠賢也被嚇破了膽。眼看這位16歲的小皇帝雷厲風行，三個月間便將實權步步掌握，而自己的黨羽則被貶的貶、被抓的抓，魏忠賢心生畏懼，于是乖乖地帶著幾百個隨從，趕緊照著小皇帝的指示，朝著安徽鳳陽的明帝國祖陵開拔前進了。

但崇禎并未饒過他。隨后朱由檢又下令，讓錦衣衛前往追擊魏忠賢，并準備將他逮捕回京繼續問罪，得知消息的魏忠賢知道難逃一死，于是在行到河北阜城時，便和同伙一起在旅店中喝酒痛飲到半夜四更，然后上吊自殺。

至此，呼風喚雨達七年之久的“九千歲”魏忠賢，在短短三個月間，便宣告身敗覆滅。