靖難之役后，建文帝朱允炆的下落成了歷史之謎。 2009年，南京大學明史研究專家潘群教授、明史學者馬渭源等通過考證研究，認定福建寧德市上金貝村的古墓就是600余年來懸而未決的建文帝陵寢。 盡管這一說法尚存爭議，倒是非常吻合歷史傳說。
明太祖朱元璋有二十六個兒子，他因自己出身卑微，當上皇帝后，生怕那些開國元勛“尾大不掉”，將長子立為太子，九子、二十六子早死，其余二十三個兒子都封王建藩。燕王朱棣、晉王朱?、寧王朱權等率兵駐守北方，抵御蒙古；周王朱、齊王朱榑等駐于內地各省，監督地方官吏。朱元璋規定，如遇奸臣專權，藩王可以聲討奸臣，甚至可以發兵“清君側”。他的本意是企圖用皇室親戚來維護皇權，殊不知事與愿違。
皇位理應由朱允炆的父親朱標繼承，朱標作為長子，早就被立為太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡長子繼承的原則，把長孫朱允炆立為皇儲。
洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝，長孫朱允炆即位。出生于洪武十年(1377年)的朱允炆，此時已是一個英姿勃發的青年了，書生氣十足而又溫文爾雅，卻缺少祖父與叔父們雄才大略的草莽習氣。他在位僅僅四年，就被叔父——燕王朱棣趕下臺，禍根是他的祖父朱元璋種下的。
建文帝即位后，那些分封于邊疆及內地的藩王們，根本不把這個年輕的侄皇帝放在眼里，他們個個擁兵自重。 建文帝時時感受到有著皇叔身份的藩王們的威脅，不得不與親信大臣齊泰、黃子澄、方孝孺商量削奪藩王的權力。 藩王們當然不會坐以待斃，勢力最大的燕王朱棣率先發難，其借口就是援引“祖訓”： 如遇奸臣擅權，藩王可以發兵聲討，以“清君側”。
于是，建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵，發動了“靖難之役”，借口是“清君側”，其實是以聲討齊泰、黃子澄為名，矛頭直指建文帝。建文四年，燕王朱棣攻下當時的首都南京，建文帝下落不明，一說焚死，一說逃亡，究竟如何，眾說紛紜，這就是建文帝生死之謎的由來。
假如建文帝不“自焚”，也必死無疑。事實上朱棣上臺后，對建文帝的親信大臣如齊泰、黃子澄、方孝孺等，展開了一場又一場大屠殺，被人稱為“瓜蔓抄”。其殘酷的程度可與乃父朱元璋懲處胡惟庸、藍玉黨案相媲美。
就連明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的死了。《明史·胡傳》記載，朱棣懷疑建文帝逃亡，派遣戶科都給事中胡，以尋訪仙人張邋遢(張三豐)為名，暗中偵查建文帝的蹤跡。
到了正統年間，有一個老和尚在云南驛站壁上題詩一首，有“淪落江湖數十秋”之句。御史召見此人詢問，老僧坐地不跪，說：我想葉落歸根。查驗后才知道是建文帝。張居正的這一說法，記載在《明神宗實錄》，與祝允明《野記》所說大體相同，可見在明中晚期，關于建文帝的下落已經不再忌諱，事實的真相逐漸明朗。看來，明人野史關于建文帝逃亡生涯的記載，并非向壁虛構。不妨將其始末簡單勾勒如下。
建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守，長吁短嘆，想自殺以謝國人。翰林院編修程濟說，不如出走流亡。少監王鉞跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一個寶匣，并且交代說，如有大難，可以打開。
眾人一起趕到奉先殿左側，打開這個紅色寶匣，但見里面有度牒三張，分別寫著“應文”、“應能”、“應賢”，里面還有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。第一張“應文”度牒寫著：“應文從鬼門出，其余人等從水關御溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。”程濟立即為皇上剃去頭發，換上袈裟、僧帽、僧鞋。
吳王教授楊應能表示愿意剃度，隨帝流亡；監察御史葉希賢毅然說，臣名賢，無疑就是“應賢”，也剃度改裝隨從。當時在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要隨從流亡。建文帝說，這么多人一起行動，勢必引起懷疑，決定由九人陪他前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。少頃，楊應能、葉希賢等十三人趕來。一行二十二人開始了流亡生涯。
建文帝交代，今后互相以師弟稱呼，不必拘泥君臣之禮。兵部侍郎廖平建議，隨從不必多，更不可多，挑選沒有家室之累又有膂力五人足夠，其余遙為應援。當場決定楊應能、葉希賢稱為比丘，程濟稱為道人，這三人左右不離建文帝；其余六人往來道路，運送衣食。
第一站來到吳江縣的史彬家中。八月十六日，建文帝與兩位比丘、一位道人同行，其余人等星散。十月，來到襄陽的廖平家。獲悉跟蹤者也已到此，大家商議后便決定前往云南。明成祖派遣戶科都給事中胡前往西南地區，打著探尋道教宗師張三豐(即張邋遢)的幌子，其實是為了偵查建文帝的下落。消息傳來，建文帝決定遁跡深山。
永樂八年三月，工部尚書嚴震以出使安南(即今越南)的名義，至云南秘密探訪建文帝的蹤跡。某一天，嚴震偶然在云南道中遇到建文帝，兩人相對而泣。建文帝問他：你準備怎么處置我？嚴震回答：皇上請便，臣自有辦法。夜間，嚴震自縊于驛站。建文帝見蹤跡暴露，再次躲進白龍山。
長期的野外生活，使得他身心疲憊，顏色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被發現，不敢出山覓食、求醫，狼狽到了極點。這時史彬等三人趕來，境況頓時改善。幾天后，三人離別，抱頭痛哭一場。建文帝交代，今后不必再來，一則道路艱險，二則關津盤查嚴密。
永樂十年三四月間，一直隨從建文帝的楊應能、葉希賢相繼病逝，建文帝收了一名弟子，賜名“應慧”。永樂十四年六月，建文帝足疾發作，程濟進城覓藥，才得痊愈。這使建文帝感到危機時時迫近，便口述流亡的經過，由程濟筆錄，寫成《從亡傳》，建文帝親筆寫了序言，命程濟藏于山巖中。
此后幾年，建文帝奔走于云南、貴州、四川之間。永樂十八年十月，在程濟的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，賦詩一首，其中兩句為：“登高不待東翹首，但見云從故國飛。”流露了他此時此地思念故國的復雜心情。永樂二十二年二月，建文帝東行。十月，在旅店遇到史彬。史彬關切地問起道路起居，建文帝說：近來強飯，精爽倍常。于是同史彬下江南，回到吳江史彬家中。
這時史彬的從叔祖史弘從嘉興趕來，在客堂見到老和尚，問史彬：大師從何而來？史彬不答。史弘把史彬拉出，說：此建文皇帝也。史彬矢口否認，史弘說我曾在東宮見到過，是我的救命恩人。史彬只得如實相告。史弘頓首后，哭泣著詢問近況。建文帝說：賴各位從亡者給我衣食，得以周旋于險阻之間。二十年來，戰戰兢兢，今日想來，可以終老了吧！隨后在史弘的陪同下，游覽天臺山，到寧波渡蓮花洋。
匆匆間，成祖死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年后英宗即位。皇帝已經更換了好幾個。政治環境的變換，是他再現真身的時候了。
正統五年(1430年)，正在廣西的建文帝對程濟說，我決意東行。建文帝有文才，流亡中經常詩性大發而賦詩，最著名的一首就是：
流落西南四十秋，蕭蕭白發已盈頭。
乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。
長樂宮中云氣散，朝元閣上雨聲收。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
人們常說，詩言志。從這些詩中，不難體味到一位流亡皇帝的心靈呼聲。巧得很，同寓所的一名和尚，竊得建文帝的詩稿，跑到思恩知州岑瑛那里，大言不慚地說，我就是建文皇帝！岑瑛大為驚駭，馬上報告藩司。藩司下令把和尚與建文帝一并逮捕，飛章報告朝廷。當朝皇帝下詔：押解回北京。
皇帝命御史在宮廷中審訊，那和尚稱：年九十余，且死，想葬于祖父陵墓旁。御史說：建文君生于洪武十年，現在是正統五年，當六十四歲，何得九十歲？后來查實得知，這和尚名叫楊應祥，鈞州白沙里人。報告皇帝后，和尚被判處死刑，下錦衣衛監獄關押。
建文帝此時把實情告訴了御史，御史秘密上報皇帝，皇帝派曾經服侍過建文帝的老太監吳亮探望虛實。建文帝見到吳亮，脫口而出：你難道不是吳亮？吳亮說：不是。建文帝糾正道：我有一天在便殿就餐，吃子鵝，一片肉掉到地上，你手里拿著壺，趴在地上把它吃掉了。還說不是你！吳亮伏地大哭。他知道建文帝左腳趾有黑子，查看后果然，想不到幾十年后能夠見面，痛哭流涕，不能仰視。
于是，皇帝下令把建文帝迎入宮中西內養老，宮中人都叫他“老佛”。壽終正寢后，葬于西山，不封不樹。因為很難給他一個名分，所以成為一座無名墓。
以上是野史根據傳聞描繪的一段失落的史事，建文帝生死之謎，在幾十年以后，終于有了一個真相大白的結果。
由于建文時期的檔案史料已被銷毀，《明成祖實錄》又充滿謊言，已經難以核實其正確性究竟有多少。因此清代學者頗多懷疑，例如萬斯同在《明史稿·史例議》中就說：“明代野史之失實，無有如建文遜國一事。”乾隆時正式出版的《明史》，卷四惠帝紀，在寫了建文帝焚死之后，又加上“由地道出亡”一段文章，依然是一團迷霧。因此現在要確切考證建文帝的下落，猶如霧里探花，那只好仁者見仁智者見智了。
專家考證：福建寧德上金貝古墓為明建文帝陵寢
中新社寧德八月二十八日電 (莊嚴吳澤金)在福建寧德市的金涵畬族鄉，海拔三百五十米的上金貝是一個遠近聞名的畬族村落。而村中的一座古墓，盛傳為明朝建文帝陵寢，給上金貝村蒙上了一層神秘的色彩。
經過八月二十五日到二十七日為期三天的實地研究考證，南京大學明史研究領軍人物潘群教授、明史學者馬渭源等中國明史研究專家認定，福建寧德市上金貝村的古墓是建文帝陵寢。
在上金貝村北半山腰上的叢林中，記者看到了被修復原貌的古墓：古墓總體從內到外分舍利塔、拜亭、墓坪三部分構成，整座墓占地近兩百平方米。古墓為弧形條石砌成高大圓拱，精致豪華，墓前石柱高約四、五米，墓壁旁墻頭上的云紋龍頭石雕氣勢恢宏。
專家認為，墓的結構和格局處處體現出一種縮小的皇家氣派，表明墓主人的身份非常尊貴，而墓的各種構件精致豪華，可以斷定這是皇族的墓。古墓舍利塔的蓮花基座造型與安徽鳳陽明皇陵及淮安明祖陵的蓮花座造型完全一致，這種造型在明朝只有朱家可以使用，可以肯定墓主人系朱家的。
因此，綜合各種田野考古信息和文獻資料，專家認為，古墓塔碑上刻的那個“御賜金襕佛日圓明大師第三代滄海珠禪師”，真實身份就是明朝第二位皇帝建文帝。
寧德華嚴寺(支提寺)珍藏的一件明代云錦袈裟，也佐證了上金貝村的建文帝陵寢之謎。經鑒定，這件袈裟是明永樂之前制作的，由五十片面料拼接而成，工藝非常復雜；袈裟周邊設計的圖騰狀十八只五爪金龍，均是閉嘴龍，是典型的明初龍造型，極有可能是明初洪武帝朱元璋所敕制，而袈裟下半部內嵌“福壽”兩字的宮燈狀圖飾，正是朱元璋的獨家標志。
專家對此也指出，支提寺云錦袈裟胸前上方有九條龍，下方有五條龍，九五之尊為皇帝獨有。這是對上金貝古墓為建文帝陵寢的有力佐證。
上金貝古墓早在一九八九年全國第二次文物普查時就被當地文物保護部門發現了，并登記為文物點。福建省博物館研究員王振鏞曾多次到古墓勘探，推測此墓極可能是明代建文皇帝的陵寢。
