毛利小五郎和工藤新一作為《名偵探柯南》中的破案的關鍵人物，可是這兩個人的關系似乎不怎么融洽，尤其是毛利小五郎非常的討厭工藤新一，總是叫工藤那個臭小子，可以說他們兩個也算是一對歡喜冤家了，但是討厭也絕非是沒有任何理由的。畢竟工藤新一是一個非常有名氣的高中生偵探，頭腦聰明，簡直就是福爾摩斯附身了，而且最關鍵的是他讓小五郎的女兒毛利蘭從小便傾心于他。

首先就說同行間的嫉妒吧，這個也是比較明顯的原因了。在這部動漫的開頭毛利小五郎就說了那個高中生偵探害的我的工作量又減少了。重要的案子都被工藤新一搶著破了，毛利偵探估計天天做的也就是一些追查小貓小狗的事情。所以可以看出這偵探同行之間卻是是冤家呀，沒有了工作，就沒有錢呀。毛利大叔可是天天幻想著要發大財，但是這下估計發不了財。

畢竟高中生偵探工藤新一可是被譽為日本警察界的福音呀，那個時候的名聲是遠勝于毛利小五郎的。再者新一破案是免費的，而毛利是需要一些費用的，這就使得本就名聲不是很大毛利小五郎工作無疑是雪上加霜。還有毛利也從來沒有認為自己不如那個高中生，從劇情中大家可以看出他不止一次的提出自己名偵探的大名，可以看出對自己的實力也是比較自信的，而新一年少輕狂，不知輕重，很多時候二者相遇誰都不服誰。

再者就是工藤新一搶了他心愛的女兒。他總說那個小混蛋，只用了一點花言巧語，就把他的女兒騙的團團轉。從這句話我們可以看出他心里還是不怎么看好這個未來的女婿的。毛利小五郎是出了名的疼愛自己的閨女，盡管總是讓女兒做家務，并且似乎都是女兒在照顧他。

但是在女兒遇到危險的時候，他可是立即就挺身而出的，曾經為了讓歹徒放過自己的女兒，可是在電視直播上懇求歹徒放過自己的女兒，絲毫不顧及自己身為大偵探的面子。而且工藤新一看上去比較情況，不像是會照顧人的，自己的女兒跟著他也只是會受苦，所以他心里還是非常排斥這個未來女婿的。

而最重要的其實是長輩對于晚輩的關愛。毛利小五郎如今看上去是一個糊涂的角色，但是總感覺他是一個大智若愚的人，青山剛昌應該是想把他當成最后的關鍵人物，所以說他一直在隱藏，可能也與新一一樣在調查中黑衣組織的事情，但是為了掩人耳目，更為了自己的女兒和妻子不受傷害，只能夠表現出糊涂的樣子。

而他作為偵探界的前輩，他知道偵探這個工作其實是非常危險的，因為很有可能遭到犯罪同伙的報復，所以說他不斷地打壓新一就是讓新一學會低調。這是一種長輩對于晚輩的教導與關愛。而工藤新一也確實在毛利小五郎面前不像平時那樣輕狂。

但是毛利小五郎的這種討厭也并不是無休止的，他有很多時候還是非常關愛新一的，畢竟工藤新一已經失蹤這么久了。雖然小蘭平時候不表現出來，但是小五郎卻看在眼里。如果他再不出現的話，可能女兒小蘭真的要傷心透頂了。有的時候會不自覺的向小蘭打聽新一的下落，這恐怕就是怕新一出事吧，典型的嘴硬心軟。他在劇中所有的出發點都是自己的家人，相信新一對小蘭一心一意的付出會使得他對新一改觀的。