在經(jīng)過了漫長的鋪墊后，動漫《魔法紀(jì)錄》終于是進(jìn)入了主線劇情，Magius之翼組織的出現(xiàn)，標(biāo)志著魔法少女們形成了一個等級分明，目的明確的團(tuán)體。Magius之翼聲稱組織的目的是讓所有魔法少女得到解放，但他們做出的行為卻害了不少人。

深月菲莉希亞本就對魔女深惡痛絕，在得知Magius之翼可以消滅所有魔女后，立馬就加入了組織。對于菲莉希亞來說，魔女就是害死父母的兇手，所以組織對她的吸引力很大。

讓人意外的事，Magius之翼組織內(nèi)還出現(xiàn)了另一個熟悉的角色，那就是本篇中的佐倉杏子。和菲莉希亞一樣，杏子的家人最后也落得悲慘的結(jié)局，加入組織的原因是想探尋魔女集中到神濱背后的原因，但這都不重要，因為后來這倆都叛變了……

杏子并不相信所謂的“幸運之水”，直接是把水給倒掉了，非常霸氣。而在八千代她們進(jìn)入組織基地之后，魔法少女兩陣營的內(nèi)戰(zhàn)開始了。

Magius之翼這邊的戰(zhàn)斗力是天音兩姐妹，以及剛剛加入的杏子和菲莉希亞，另一邊則是七海八千代，環(huán)彩羽和由比鶴乃。從動機(jī)上看，八千代認(rèn)為Magius之翼散播傳言的行為是不對的，而天音姐妹則認(rèn)為站在魔法少女的角度這樣做沒錯。

然而天音姐妹沒想到的是，菲莉希亞對魔女的執(zhí)念太深，在召喚出用魔力操控的魔女之后，菲莉希亞直接選擇倒戈，優(yōu)先擊破場上的魔女，杏子此時也轉(zhuǎn)而幫助了菲莉希亞。

另一邊，環(huán)彩羽負(fù)責(zé)毀掉“幸運之水”傳言的本體，在靈魂寶石污濁之時，魔女再次現(xiàn)身，幫助環(huán)彩羽破壞了核心。

這場戰(zhàn)斗中，天音姐妹也化身成了魔女的模樣，可見魔女化可逆的現(xiàn)象在神濱是普遍存在的，在這種設(shè)定下，魔法少女不會永久黑化，而且魔女化恢復(fù)之后還能順便凈化寶石，這或許就是Magius之翼想要達(dá)到的目的。

與此同時，八千代之前的摯友美冬也再次登場，只是此時的她已經(jīng)是Magius之翼的干部了，面對昔日友人，雙方最終決定站在各自的立場對抗。（之前一直以為美冬死了，原來只是和朋友分開了而已）

在這場戰(zhàn)斗之后，深月菲莉希亞成功被主角“攻略”，順便還用掉了最后一次幸運，四位魔法少女共同搬進(jìn)了三日月莊，這也意味著《魔法紀(jì)錄》中的“新五色戰(zhàn)隊”的成立。