湘軍打出“以理學治軍”的旗號，咸豐八年（1858年），曾國藩創作了集中體現“仁”這一儒家核心價值觀的《愛民歌》，要求士兵背誦傳唱，做到“軍士與民如一家，千記不可欺負他”。但另一方面，又縱容其軍隊燒殺搶掠，還打出“民可愛而刁民不可愛，紳可敬而劣紳不可敬”的幌子，主張對太平軍斬盡殺絕，即使對叛變投降者也不例外，以至于落下了“曾剃頭”之稱。

湘軍為維系軍心，“大索”成為其刺激士氣的重要手段，晚年曾國藩退隱后，其同鄉王湘綺曾問他為何縱容手下殺戮時，曾國藩平淡對之：“吾之兵士，非朝廷俸養，然為朝廷竭力，故唯有薄民生而厚朝廷也哉！”

正是這樣一支標榜仁義道德的軍隊，一手制造了太平天國戰爭期間罕見的三次屠城暴行。

1858年四月，湘軍悍將李續賓經過一年多時間的苦戰，攻克重鎮九江，為湘軍戰勝太平軍奠定了決定性的基礎。李加封巡撫銜，賜黃馬褂，成為封疆大吏。然而在破城之后，他不僅下令殺了太平軍守將林啟容以及1.7萬名守軍，還大規模殺戮平民，開了湘軍屠城的先例。九江城內一時積尸成阜，流血成渠。

安慶在太平天國的地位緊次于首都天京。由于安慶是天京上游的重要門戶，安慶的得失，對太平天國后期戰爭的全局關系極大。安慶保衛戰是太平軍戰史上最慘烈的一次戰役，太平軍先后投入數十萬兵力，最終歸于失敗。1861年，曾國藩攻下安慶后，下令士兵“大索三日”，屠殺淫掠，整個安慶幾乎變成了一座空城。“大索”字面上是搜索“殘敵”，實際則是縱容士兵在當地公開搶劫奸淫。曾國藩的親信李榕稱：“通計前后殺斃援賊、城外壘賊、降賊及城中之賊實有四萬余人，軍興以來，殺劫此為最重。”

1864年7月，曾國荃部攻陷天京，頓時“十年壯麗天王府，化作荒莊野鴿飛”，繁華的古都南京頓成瓦礫。同時，湘軍也再次大開殺戒，“沿街死尸十九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲”。曾國藩上報說：曾國荃率所部在南京城內“分段搜殺，三日之間斃賊共十余萬人。秦淮長河，尸首如麻”。這實際上是三天就屠殺了十余萬南京居民。

清人記載：“金陵之役，伏尸百萬，秦淮盡赤;號哭之聲，震動四野。”所謂伏尸百萬，除了戰死者，還有大量的平民。湘軍亦以“大索”為名，從上到下，每一個人置備一個大竹筐，搶到錢財就往竹筐里裝。同時亦大肆在城內外進行野蠻的屠殺。

曾國藩的幕僚趙烈文在《能靜居士日記》中記載破城后七天時他所目睹的情形：“ 其老弱本地人民，不能挑擔，又無窖可挖者，盡遭殺死，沿街死尸十之九皆老者。 其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不負傷，或十余刀，數十刀，哀號之聲，達于四遠，其亂如此，可為發指。”

太平天國強盛時，南京最多有100萬人，可屠城之后10多年，到光緒登基時，南京只剩不到50萬人。