最早質(zhì)疑中醫(yī)存在的聲音來自清末大儒俞樾，1878年他的妻子病逝后，憤于所延請的中醫(yī)無法妙手回春，于是批閱醫(yī)書，提筆撰就《廢醫(yī)論》，嚴厲又沉痛地呼吁“夫醫(yī)之可廢，何也？曰：醫(yī)無所以治病也”，以文字聲討中醫(yī)的療效和存續(xù)價值，譏諷其“今之醫(yī)巫亦一也，吾未見醫(yī)之勝于巫也”，并認為中藥虛妄，“醫(yī)之所以治病者藥也，藥則不可恃，脈虛、藥虛，斯醫(yī)亦虛矣”，甚至歪曲事實攻訐道“其藥之而愈者，乃其不藥而愈者也。其不藥不愈者，則藥之亦不愈，豈獨不愈而已，輕病以重，重病以死”，硬生生將所有中藥形容成催命毒藥。
俞樾的門生章太炎則在1910年寫下《醫(yī)術(shù)平議》，指出俞樾“雖言廢醫(yī)，其譏近世醫(yī)師專持寸口以求病因，不知三部九候，足以救時俗之違經(jīng)，復(fù)岐黃之舊貫，斯起醫(yī)，非廢醫(yī)也”。他替俞樾緩頰稱其本意是為了振興中醫(yī)的真正精髓，并非要全然廢除，但批判中醫(yī)的聲音已逐漸成氣候。雖然清末尚有身兼進士與郎中身分的唐宗海，開創(chuàng)“中西醫(yī)匯通派”，寫出援引西方醫(yī)學(xué)理論補足中醫(yī)學(xué)理的《中西匯通醫(yī)書五種》揚名于世，然而在西方科學(xué)的強勢競爭下，中醫(yī)已成為激進者眼中象征落后文明的標靶。比起經(jīng)史子集等受士人青睞的“國學(xué)”，被視為末流、實則關(guān)乎億萬民生的傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)反倒先一步被抨擊，不能不說是種矛盾與諷刺。
盡管俞樾晚年又因自身疾苦轉(zhuǎn)求中藥延命，自嘆道“不能堅執(zhí)廢醫(yī)論，反自營求卻疾方”，但俞樾僅改變對中藥的看法，又寫就《醫(yī)藥說》一文，改口稱“余固不信醫(yī)也，然余不信醫(yī)而信藥，于是又有醫(yī)藥之說”。這種“廢醫(yī)存藥”的論點對近代中國影響頗大，并成為中西醫(yī)論爭的主要矛盾，甚至不少中醫(yī)都自覺或不自覺地認同部分說詞。因此可以說，俞樾的筆鋒點燃攻擊中醫(yī)的炮火，其轉(zhuǎn)變又主導(dǎo)了中醫(yī)藥部分有益還是通盤無益的論辯思路。
民國之后，質(zhì)疑傳統(tǒng)文化的聲浪不絕如縷，中醫(yī)的地位更是江河日下。
1912年至1913年間，民國北洋政府打算模仿日本，全面推行西式教育，因此著手擬訂“壬午癸丑學(xué)制”。但教育部在1912年11月頒布《醫(yī)學(xué)專門學(xué)校規(guī)程》、《藥學(xué)專門學(xué)校規(guī)程》時，里面竟毫無任何一句論及中醫(yī)，等同刻意廢除中醫(yī)教育。該法令一出，頓時引起全中國的中醫(yī)嘩然，是為醫(yī)學(xué)史上轟動的“教育系統(tǒng)漏列中醫(yī)案”。
1913年10月，19個省市的中醫(yī)團體派遣代表共組“醫(yī)藥救亡請愿團”奔赴北京。負責(zé)擘畫請愿的上海神州醫(yī)藥總會成員余伯陶在代表們赴京前，期勉他們道：“這次赴京請愿，是我國醫(yī)藥界幾千年從來沒有過的事情，是挽救我國醫(yī)藥的一次重大的創(chuàng)舉。它對今后醫(yī)藥前途關(guān)系很大，希望代表們以堅定的毅力，百折不饒的精神去達到保存中醫(yī)藥的目的”。
但沒想到教育總長汪大燮的態(tài)度十分惡劣，寫有“呈為懇請?zhí)岢嗅t(yī)中藥，準予另設(shè)中學(xué)醫(yī)藥專門學(xué)校，以重民命而順輿情事……速舉中醫(yī)中藥切實整頓即可，逐如淘汰則不可”的請愿書遭其拒收，對于請愿書里提議的設(shè)立中醫(yī)藥書籍編輯社、設(shè)立藥品化驗所、編輯醫(yī)學(xué)報刊、創(chuàng)設(shè)中醫(yī)補習(xí)學(xué)校等措施更是充耳不聞。深受日本明治維新廢止“漢醫(yī)” 的刺激，汪大燮直截了當?shù)馗嬷怼坝鄾Q意今后廢去中醫(yī)，不用中藥，所謂立案一節(jié)，難以照準”，鐵了心硬是不肯讓中醫(yī)延續(xù)下去。
汪大燮的回應(yīng)激起更大的反彈聲浪，各地中醫(yī)紛紛撰文痛斥或發(fā)起抗議，北洋政府教育部這才發(fā)覺大事不妙，趕緊回復(fù)請愿書，但語句仍充滿推諉：“中國醫(yī)藥上自神農(nóng)皇帝，下至民國，名醫(yī)輩出，力起沉痾，活人無數(shù)，若年溝通中西醫(yī)學(xué)，以科學(xué)方法研究整理，則我國醫(yī)界必有可觀……唯現(xiàn)在世界大同，科學(xué)日精，凡講授專門科學(xué)，須以最新學(xué)說為衡……此項規(guī)程，系由臨時教育會議公決……本部對于醫(yī)學(xué)，只期學(xué)術(shù)完備，求合于世界進化之大勢……并非于中醫(yī)、西醫(yī)有所歧視也”。顯然，教育部想把漏列中醫(yī)的責(zé)任卸得越多越好，并暗示中醫(yī)不符合“最新學(xué)說”與“進化之大勢”的科學(xué)標準，其意仍是想廢止中醫(yī)教育。
1914年1月民國政府也正式答復(fù)，宣稱“前此部定醫(yī)學(xué)課程，專取西法，良以歧行不至，疑事無功，先其所急，致難兼采，初非有廢棄中醫(yī)之意也。……除厘定中醫(yī)學(xué)校科程一節(jié)暫從緩議外，其余各節(jié)應(yīng)準分別籌辦”，同時開始允準民間設(shè)立中醫(yī)學(xué)校。表面上中醫(yī)似乎免于被消滅的危機，但實際上國務(wù)院的表態(tài)仍不脫教育部的思維，且一邊允許民間設(shè)校傳授中醫(yī)，一邊又拒絕制定正式的中醫(yī)課綱規(guī)范和準許中醫(yī)注冊登記，形同讓中醫(yī)資格與地位處于灰色地帶。中醫(yī)界因此不屈不撓地繼續(xù)抗爭，1925年要求教育部得列入中醫(yī)課程，疾呼：“教育部學(xué)校課程，有西醫(yī)而無中醫(yī)，致令辦此項學(xué)校者，無矩矱可遵，入此項學(xué)校者，無學(xué)位可望，是不啻以法律限制學(xué)術(shù)，為自滅文化之政策”。
結(jié)果中醫(yī)界的呼聲遭西醫(yī)強烈抵制和斥責(zé)，倡導(dǎo)“廢醫(yī)存藥”最力、抱持進化論眼光認定中醫(yī)終將絕滅的西醫(yī)余巖，揶揄道“假若中醫(yī)教育列入大學(xué)或?qū)？浦茣r，將來怎樣可以使高中學(xué)生學(xué)那些‘五運六氣’、‘湯頭歌訣’……在中學(xué)講的是科學(xué)，入了大學(xué)反倒退步”，諷刺中醫(yī)的陰陽五行經(jīng)脈理論全屬謬論。待南京國民政府成立后，教育部于1928年召開第一屆全國教育會議，“神州醫(yī)藥總會”再度呈請列入中醫(yī)為大學(xué)學(xué)系，結(jié)果仍石沉大海。不過這點挫折還不算什么，更糟糕的還在后頭。
1929年2月衛(wèi)生部召開第一屆中央衛(wèi)生委員會行政會議，出席者幾乎都是留學(xué)歐美日本的西醫(yī)或不懂醫(yī)事的官員，包括余巖在內(nèi)，沒有半個中醫(yī)參與。結(jié)果余在會議上竟提案要求“廢止舊醫(yī)以掃除醫(yī)事衛(wèi)生之障礙”，南京特別市衛(wèi)生局長兼中央衛(wèi)生委員會委員胡定安也幫腔道：“先父是一個中醫(yī)，設(shè)使今日先父尚在，鄙人也要反對到底”。最后衛(wèi)生委員會竟通過《規(guī)定舊醫(yī)登記案原則》，決議取締宣傳中醫(yī)的雜志報刊、禁止成立舊醫(yī)學(xué)校、禁止舊醫(yī)診治法定傳染病等等。但最致命的則是所有中醫(yī)得在一年內(nèi)登記領(lǐng)照，國民政府卻又規(guī)定中醫(yī)訓(xùn)練期限為五年，這無非是斷了所有尚未結(jié)業(yè)的中醫(yī)學(xué)生的懸壺濟世之路，落日條款一出，待現(xiàn)有的老中醫(yī)逐一凋零后，中醫(yī)便將自然消亡。
如此狠毒的法案通過后，立刻炸出全中國中醫(yī)界憤怒的聲響，281名中醫(yī)代表云集上海召開“全國醫(yī)藥團體代表大會”，打出“提倡中醫(yī)以防文化侵略”、“反對廢除中醫(yī)”等口號。“神州醫(yī)藥總會”成立者之一包識生痛斥道“中醫(yī)是國醫(yī)，是中華民族傳統(tǒng)文化的瑰寶，怎么能夠唾之為封建迷信，怎么能夠唾之為是舊醫(yī)呢？擁護中醫(yī)藥就是保持我們的國粹，取締中醫(yī)藥就是致病民的死命。你中央大員不需要，但是，老百姓需要！中華民族的子孫后代需要。我們要誓死保護中醫(yī)藥！”
各地商鋪、報館、藥業(yè)工會、甚至南洋華僑也都紛紛給予支持。最后在龐大的民意壓力下，國民政府才不得不宣示取消該議案，但衛(wèi)生部竟聲稱“查中醫(yī)一案，本部力主提倡……并無廢止中醫(yī)中藥之說”，彷佛忘了通過廢止中醫(yī)案的主管機構(gòu)究竟是誰。
不過，有廢止中醫(yī)之心的國民政府，又緊接著在1929年4月由教育部公告“查現(xiàn)有之中醫(yī)學(xué)校，其講授與實驗，既不以科學(xué)為基礎(chǔ)，學(xué)習(xí)者之資格與程度，亦未經(jīng)定有標準，自未便沿用學(xué)制系統(tǒng)內(nèi)之名稱，應(yīng)一律改稱中醫(yī)傳習(xí)所”。這種說詞聽起來冠冕堂皇，但國民政府一面拒絕明訂中醫(yī)課程和學(xué)系，一面又指責(zé)民間中醫(yī)學(xué)校不夠科學(xué)化，故要予以降格，這豈不是逼民為賊？因此又惹起中醫(yī)不滿，蔣介石遂下令撤銷。但教育部和衛(wèi)生部竟又呈文給行政院，主張既然不能叫傳習(xí)所，便改作“稱為中醫(yī)學(xué)社，俾成為學(xué)術(shù)團體……非擯棄中醫(yī)于學(xué)校系統(tǒng)以外，實欲中醫(yī)有自由發(fā)展之機會，不受教育規(guī)程之限制”。如此荒謬的論據(jù)，行政院居然采納并通令推行，致使中醫(yī)地位跌得更深更重。
雖然中醫(yī)界后來改變戰(zhàn)術(shù)，改要求國民政府設(shè)立國醫(yī)館、再附設(shè)國醫(yī)學(xué)校，借此令中醫(yī)教育得以不輟。接著再推動立法院制定《國醫(yī)條例》，期許替中醫(yī)爭得與西醫(yī)平等的法律地位，畢竟西醫(yī)早已有《西醫(yī)條例》保障權(quán)益。結(jié)果立法院余1933年更名為《中醫(yī)條例》后準允通過，但力主廢中醫(yī)的行政院長汪精衛(wèi)竟悍然拒絕頒行，遲至1936年才在各方壓力下公布。這不僅顯盡國民政府打壓中醫(yī)的丑惡，更揭露國民政府罔顧民意、知法卻不守法的面目。
抗戰(zhàn)結(jié)束后，本以為將隨著社會重建迎來新生的中醫(yī)界，居然又開始遭受壓制，教育部開始取締各地中醫(yī)學(xué)校，又利用《醫(yī)師法》限縮中醫(yī)權(quán)利。直到新中國成立后，中醫(yī)的處境才略有好轉(zhuǎn)。
