清代(1644-1911)流放到中國西部地區的官員提供了關于該地區（今新疆維吾爾自治區和甘肅省）語言、民族和地形的連續記錄。在中國的各個朝代，這種地方文獻的編撰傳統一直傳承不輟，自 《漢書》 以來的各朝官方史書中，都設“西域傳”。
伊犁將軍松筠(1802-1809年在職)命謫戍官員編撰新疆的地方文獻。其中成績卓然者，如汪廷楷、祁韻士(1751-1815，1805-1809年謫戎伊犁)和徐松（1781-1848，1813年謫戎伊犁），祁韻士另有摘編《西陲要略》一部（4卷）。為了完成撰述，徐松于1815-1816年進行了實地考察以搜集資料，其間，他考察了敦煌的佛教洞窟遺址，記錄了莫高窟建窟碑。此外，他還注意到一些其他的古代遺址。徐松刊布了一些著作，其中包括 《漢書西域傳補注》 和 《西域水道記》 。（Waley-Cohen 1991）
徐松還撰有新疆詩集一部（《新疆賦》），這是中國貶逐文人的另一種文化傳統。紀昀（1724-1805，1768年貶逐）在烏魯木齊的詩歌和日記，以及洪亮吉（1746-1809，1799貶逐）的詩歌，都提供了非常有價值的第一手資料。許乃古（1831-1834年任敦煌知縣）繼承了這個傳統，著有《千佛洞賦》。
蔣孝琬（蔣師爺，？——1922），湖南人，1883年去新疆，在縣、州行任師爺。1906-1908年，斯坦因第二次中亞探險（參見英國收集品）過程中，蔣孝琬一直擔任翻譯、助手。蔣孝琬多年的師爺經驗正是斯坦因所需要的，因此當他于1906年5月見到斯坦因時，兩人很快就開始了探險活動。蔣孝琬以助手身份與斯坦因同赴敦煌，同時教斯坦因中文。他協助斯坦因處理庶務，疏通關系，幫助斯坦因說服敦煌的道士王圓箓允許斯坦因和他接觸藏經洞藏品。
1.1敦煌
王圓箓是一個云游道士，于1890年左右來到敦煌莫高窟，并在此定居。他儼然成為石窟的民間守護者，并四處籌款以修繕廟宇。1900年，在清掃第16窟的積沙時，他的一個工人突然發現一個暗門，門內是一間小秘室，隱藏著堆得滿滿的4至11世紀的寫卷和繪畫。該窟即是第17窟，并以藏經洞聞名（最初它是9世紀左右為洪辯和尚建造的影堂）。
藏經洞發現以后，中國當時并沒有意識到它的重要意義。王圓箓把發現藏經洞一事首先報告給敦煌縣令嚴澤，并帶去兩件卷子。然而，嚴澤文化不高，只是把這兩件發黃的卷子當成無用的廢紙。三年后，汪宗翰當上了敦煌縣令，他對古代文獻有較深的認識。王圓箓希望他能夠對藏經洞的藏品有興趣，但是，他開始考察藏經洞不久，就被調離敦煌了。他臨走之前隨意帶走了一些寫卷，并責成王圓箓繼續看護藏經洞，并未作出進一步的安排。王道士并不死心，他帶上兩箱寫卷行程800 里去了肅州（今酒泉）。不過，此地官員雖是位學者，卻不關心藏經洞的藏品情況。直到幾年后，甘肅學政葉昌熾才聽說藏經洞，將汪宗翰進呈的古碑拓本寫入 《語石》 。1904年，甘肅藩臺才命令敦煌地方保護這些寫卷，不過仍是委托地方處理，并沒有馬上采取實際行動。
當斯坦因與伯希和分別于1907、1908年來到敦煌時，他們設法說服王圓箓，以很少的價錢買走了大量的寫卷和繪畫。他們的探險獲得巨大收獲，致使敦煌文書流散歐洲。1909年，當伯希和再次到京時，他向中國學者展示了一些從藏經洞獲得的文書，在學術界引起巨大震動。羅振玉、王國維、王仁俊、董康、蔣黼（一作"斧"）、葉恭綽等一批學者紛紛前往伯希和寓所，抄錄敦煌寫卷，打探藏經洞的消息。
同時，羅振玉聽說藏經洞仍然有8,000余件敦煌寫卷，他馬上意識到，如果不能迅速將這些寫卷運往北京，它們就可能全部流散。在羅振玉和其他學者的共同努力下，終于促成學部發出了購回剩余的8,000余件敦煌寫卷的指令。傅寶書即被任命將這批寫卷從敦煌運往北京。傅寶書將藏文文書留在了敦煌。在這些文書到達學部后，一些寫卷被李盛鐸盜取（榮新江，2002）。幾經周折，這批寫卷入藏京師圖書館。敦煌解京文書構成了今天中國國家圖書館敦煌遺書的主要部分。后來，通過政府調撥、公眾捐贈和圖書館的采購等方式，中國國家圖書館目前館藏寫本總數約有16,000件左右，是中國收藏敦煌寫本最多的機構（詳下）。
在整個20世紀，中國學者的興趣和研究主要在石窟藝術、繪畫和佛像上。1940年，中國畫家吳作人在張大千(1899-1983)的帶領下，參觀了敦煌莫高窟群和附近的其他石窟遺址，如1941-1943年間，參觀了榆林。張大千收集了一些來自敦煌和吐魯番的繪畫和寫本，現藏于日本天理圖書館（參見“日本收集品”）。但是，其中一部分被認為是偽卷（參見魏泓編輯 《敦煌偽卷》 ）。在西藏喇嘛的幫助下，張大千臨摹了276幅4-6世紀的壁畫，其中183幅現保存在四川省博物館。張大千所臨摹的敦煌壁畫（其中一些于1943年在蘭州展出）有助于提高莫高窟的知名度。1944年，國立敦煌藝術研究所成立。在建造住宅區時，在清代的塑像里還發現了一些寫本。
1946年，藝術家、歷史學家段文杰到國立敦煌藝術研究所工作。他在那里工作了50多年，后任研究院的院長，對石窟進行了廣泛的研究。1948年，800 件來自敦煌的文物在上海展出。1961年，莫高窟被國務院列為"全國重點文物保護單位"，1987年聯合國教科文組織將其列入世界文化遺產。同年，研究所擴建為研究院。
1.2 中國的西域考古
1926-1935年，在德國政府和德國漢莎航空公司的贊助下，斯文赫定（1865-1952）和徐旭生帶領中國-瑞典西北科學考察團在戈壁灘和蒙古進行了考察。中國考古學界早期知名學者黃文弼(1893-1966)是團員之一。這是當時羅布泊地區一次規模最大的考察探險活動。黃文弼發掘塔里木盆地和吐魯番盆地周圍的漢代堡壘。瑞典考古學家貝格曼(Folke Bergman，1902-1946)發現的小河古墓遺址，又發掘了南羅布泊、且末及西部，烏魯木齊和吐魯番周圍。這些發掘成果廣泛，包括自漢代到唐代的各種遺址，還有漢代以前的文物（參見其他收集品）。
黃文弼是中國社會科學院考古所的一名學者，自1950年開始，他帶領考古考察團進行了更進一步的考古調查發掘，出土了眾多重要文物，并發現了新的遺址。1983年，這些成果和其他該地區的考古成果，由新疆社會科學院考古所編輯的 《新疆考古三十年》 所收錄。自1980年以來，新疆地區的考古發掘更為廣泛，并取得了更多不同時代的文物。
在過去的十年中，一直有中日、中法考古合作。2005年，吐魯番研究院建立，整理和研究吐魯番地區的考古發掘成果。目前，該院正在編輯主要探險隊和發掘地區的考察年代表，最近將在網上公布。
由考古發掘，及此后的贈送、購買等途徑，中國各地的機構收藏了豐富的寫本、文物和紡織品。敦煌和吐魯番文書的主要收藏機構和主要博物館，下面將予以介紹。這個介紹略有修改，將更側重介紹敦煌以外的遺址所出土的文獻文物。
2.藏品：內容與查閱途徑 2.1中國所藏敦煌藏品、吐魯番及其它中亞寫本和文書
- 中國國家圖書館藏敦煌文獻
- 甘肅藏敦煌文獻
- 天津博物館藏敦煌文獻
- 天津圖書館藏敦煌文獻
- 北京大學藏敦煌文獻
- 上海圖書館藏敦煌吐魯番文獻
- 上海博物館藏敦煌吐魯番文獻
- 浙江藏敦煌文獻
- 南京圖書館藏敦煌文獻
- 湖北省博物館藏敦煌文獻
- 國家博物館藏敦煌文獻
- 重慶博物館藏敦煌文獻
- 天津市文物公司藏敦煌文獻
- 旅順博物館所藏敦煌文獻（大連）
- 其它收藏機構
1910年，傅寶書將8697件寫本從敦煌帶到北京，這批遺書是中國國家圖書館敦煌遺書收藏的主體部分。后經政府調撥、社會捐贈、本館采購，迄今為止總數目約16000號左右。中國國家圖書館的收藏品分為四大部分：
《敦煌劫余錄》 （第一部敦煌寫本目錄）1922年，陳垣先生任北平圖書館館長期間，將入藏的8697號敦煌寫本分類編排，出版了 《敦煌劫余錄》 ，著錄內容為編號、起止字、紙數、行數、品次、陳垣的附記等，這是世界上第一部敦煌寫本的分類目錄。該目錄于1931年3月由當時的 中央研究院歷史語言研究所專刊 第四種出版。陳寅恪在序言中提出"敦煌學"這一名稱。
敦煌石室寫經詳目續編
繼第一次對敦煌藏經洞遺書清點注冊后，又從這批敦煌遺書中挑選出相對比較完整的1192件，編為1192號，盡收 《敦煌石室寫經詳目總目續編》 中，于1935年完成。
殘片部分 經過兩次對敦煌遺書清點，剩下支離破碎的殘片，大抵都是20－30厘米長，有的殘片甚至更小，僅夾雜為數不多較長的卷子，但都因紙質糟巧、硬脆不易展開。略計近4000號，已納入《中國國家圖書館藏敦煌遺書總目錄》。
新字號部分
在中國國家圖書館藏敦煌遺書16000號中，其中有1600余號敦煌遺書是近幾十年陸續收藏的，冠以“新”字，稱之為新字號。
2.1.1.2中國國家圖書館敦煌文獻查閱途徑
查閱中國國家圖書館敦煌文獻的內容，可以參考以下途徑：
- 黃永武主編： 《敦煌寶藏》 ，新文豐出版社，1986年。共141冊，其中56－111冊為 敦煌《劫余錄》 部分。
- 敦煌遺書縮微制品由本館縮微復制中心制作， 《劫余錄》 部分已拍攝完畢。
- 任繼愈主編： 《中國國家圖書館藏敦煌遺書》 ，江蘇古籍出版社，1999年開始出版，目前已出版7冊。
- 陳垣編： 《敦煌劫余錄》 ，中央研究院歷史語言研究所，1931年。北京圖書館善本組編： 《敦煌劫余錄續編》 ，內部出版，1981年。
- 陳晶、王欣編： 《北京圖書館藏敦煌遺書目錄索引》 ，內部出版，1988年。
- 申國美： 《國家圖書館敦煌遺書研究論著目錄索引》 ，北京圖書館出版社，2001年。
- 中田篤郎編： 《北京圖書館藏敦煌遺書總目錄》 ，內部復印，此目錄對敦煌遺書題名做詳細考訂。
如以上查閱途徑仍不能滿足需求，國家圖書館善本閱覽室可閱覽原件，但是需要提前預約，得到答復后，幷持單位介紹信和具有借閱功能的國家圖書館讀者卡，再前往閱覽。
國家圖書館善本特藏閱覽室開放時間：
周一至周五，9:00-17:00
2.1.1.3敦煌吐魯番學資料研究中心
敦煌吐魯番學資料研究中心是中國國家圖書館與中國敦煌吐魯番學會合作為學術界設置的專業性較強的學術服務機構。1983年冬籌建，1988年8月正式成立，閱覽室同時對外開放。自籌建以來，資料中心積極從事敦煌、吐魯番學有關資料的系統搜集、整理和入藏，編輯出版有關目錄和論著，為國內外敦煌吐魯番學界提供閱覽和咨詢，同時，為學術交流提供了諸多方便條件，得到了有關專家、學者的好評。到目前為止，敦煌吐魯番學資料閱覽室已入藏敦煌吐魯番學及隋唐史、西域歷史地理、宗教文化等各類文獻資料近3萬冊件，包括縮微膠卷、照片、書、刊、會議資料、音像資料等文獻類型。
這里有中文（包括少數民族文字）、西文、日文等多種文字的研究資料，按10個專題分類排架，它們是與敦煌吐魯番學有關的歷史、文獻目錄、考古、語言文字、藝術、少數民族語言文字、宗教、綜合研究、工具書和科技類藏書。
2.1.2甘肅省
甘藏敦煌文獻除藏經洞、其他石窟和佛塔出土的一部分外，大部分來自當地名士、官宦、鄉紳之手。北朝寫本較多，佛經居多，其中不乏珍本、孤本。
- 敦煌研究院藏383號；
- 甘肅省博物館藏138號；
- 敦煌市博物館藏81號；
- 甘肅省圖書館藏32號；
- 西北師范大學藏19號；
- 酒泉市博物館藏18號；
- 定西縣博物館藏10號；
- 永登縣博物館藏8號；
- 高臺縣博物館藏3號；
- 甘肅中醫學院藏3號；
- 張掖市博物館藏1號。
甘肅所藏敦煌文獻目前公布整理的共計696號，全部收錄在由甘肅藏敦煌文獻編委會、甘肅人民出版社、甘肅省文物局所編輯的 《甘肅藏敦煌文獻》 （6卷）中，1999年由甘肅人民出版社出版。
2.1.3天津博物館
該館收錄敦煌文獻350號，一部分為歷年征集收購所得，一部分為我國著名文物收藏家周叔韜先生1979年所捐贈。大部分為佛教經卷、論疏。其特點為：保存狀況好；跨越年代較長；保存了大量的佛教典籍與史料；具有書法藝術價值的經卷不下五、六十卷；經卷上鈐有收藏印共50方。
天津博物館所藏敦煌文獻全部收錄在由上海古籍出版社、天津市藝術博物館共同編輯的 《天津市藝術博物館藏敦煌文獻》 （1-7卷）中，1996-1998年由上海古籍出版社出版。
2.1.4天津圖書館
天津圖書館所藏敦煌遺書均為殘片，貼為六冊頁，共177號： 《唐人寫經殘卷》 三冊； 《唐人寫經冊（殘頁）》 一冊； 《唐人寫經真本》 一冊； 《敦煌石室寫經殘字》 一冊。大部分為佛經。目錄詳見天津圖書館歷史文獻部 《天津圖書館藏敦煌遺書目錄》 （ 《敦煌吐魯番研究》 ，第八卷，中華書局，2005年1月）。
2.1.5北京大學
北京大學圖書館藏敦煌文獻286號，大部分為1950年向達先生任館長時購入。佛書占多數，另有少數道書及社會文書。還有一些較為罕見的非漢文殘卷如古藏文、于闐文、回鶻文、西夏文等。
北京大學圖書館藏敦煌文獻全部收錄在由北京大學圖書館、上海古籍出版社共同編輯的 《北京大學圖書館藏敦煌文獻》 （1-2卷）中，1995年由上海古籍出版社出版。
2.1.6上海圖書館
上海圖書館藏敦煌吐魯番文獻187號，主要為上海市文管會捐贈、上海博物館移交及歷年收購。其特點為：署有年月的寫本占所藏文獻的比例較高；非佛教內容的寫本比例較高；經名家鑒藏、題跋者多。
上海圖書館藏敦煌文獻收錄在上海圖書館、上海古籍出版社共同編輯的 《上海圖書館藏敦煌吐魯番文獻》 （1-4）中，1999年由上海古籍出版社出版。
2.1.7上海博物館
上海博物館收藏敦煌吐魯番文獻80號，大部分為佛經。上海博物館收藏的敦煌吐魯番文獻收錄在上海古籍出版社、上海博物館共同編輯的 《上海博物館藏敦煌吐魯番文獻》 （1-2卷），1993年由上海古籍出版社出版。
浙江省
浙江省共收藏敦煌文獻201號，其收藏特點是：藏品內容門類豐富，除佛教經卷外還有道經、經濟文書、愿文、詩詞、小說、書儀、畫像等；所藏經卷大部分被著名學者收藏幷留有題跋、手跡與印章，彌足珍貴；寫卷相對完整，保存良好。
浙江省各機構和收藏情況如下：
- 浙江省博物館藏品176號；
- 浙江圖書館藏品20號；
- 杭州市文物保護管理所藏品4號；
- 靈隱寺藏品1號。
浙江省藏敦煌文獻全部收錄在毛昭晰主編的 《浙藏敦煌文獻》 中，2000年由浙江教育出版社出版。
2.1.9南京圖書館
南京圖書館收藏敦煌卷子32號，目錄詳見由方廣锠、徐憶農《南京圖書館所藏敦煌遺書目錄》（ 《敦煌研究》 1998年第4期）。
2.1.10湖北博物館
湖北博物館收藏敦煌遺書31號，據經卷收藏印看，大部分經卷收藏者為徐蘭如先生，另若干件有康有為、羅振玉題跋。內容以佛經居多。目錄詳見王倚平、唐剛卯《湖北省博物館藏敦煌經卷概述》（ 《敦煌吐魯番研究》 2005年第5卷）。
2.1.11國家博物館（原歷史博物館）
國家博物館藏有敦煌寫經，完整的目錄尚未發表，藏品數量不詳。具有書法藝術價值的敦煌寫卷，發表在由史樹青主編的 《中國歷史博物館藏法書大觀》 第11卷、12卷（柳原書店，1994，1999）上。
2.1.12重慶博物館
重慶博物館收藏敦煌卷子13號，為重慶市博物館50－60年代所入藏，其目錄《重慶市博物館藏敦煌吐魯番寫經目錄》由楊銘先生發表在 《敦煌研究》 1996年第1期上。
2.1.13天津市文物公司
天津市文物公司歷年從社會上所收敦煌卷子共計30號，特點為：內容較為豐富；時代跨度較大；珍品薈萃。全部收錄在天津市文物公司主編的 《敦煌寫經》 ，1998年由文物出版社出版。
2.1.14旅順博物館
1914年，大谷光瑞由于不善理財，使西本愿寺嚴重虧損，辭去西本愿寺宗主一職，大谷收集品遂分散到日本、中國和韓國的一些公私收藏者手中。收藏在中國的大谷收集品原均藏在旅順博物館，在五十年代敦煌文書中的620件全部移交當時的北京圖書館（今中國國家圖書館），旅順博物館僅剩下9件敦煌文書和一些吐魯番文書。詳見尚林、方廣锠、榮新江所撰 《中國所藏“大谷收集品”概況》 ，1991年3月由龍谷大學佛教文化研究所出版。
2.1.15其他收藏機構
除了以上收藏機構外，廣東省立中山圖書館、中國佛教協會、香港（香港中文大學博物館展出的英國皇家亞洲學會所藏一件寫本）和臺灣中央圖書館、歷史語言研究所和歷史博物館也有收藏。IDP通訊第12期提供了臺北收集品的詳細信息。
2.2中亞文物
現在，一個關于中國各機構收藏的中亞文物目錄正在編輯中，包括最主要的博物館和考古機構，尤其是陜西、甘肅和新疆。這些機構的簡明目錄如下：
中國國家博物館（北京），藏有大量過去幾十年發掘的最精美的文物。
陜西省歷史博物館（西安）， 有幾個展室陳列中亞文物，其中許多是國寶級的文物。此外，該博物館還有大量其他藏品，如唐墓壁畫等等。
陜西省考古所（西安），藏有過去幾十年發掘的文物，包括許多在西安地區佛塔及墓葬遺址中出土的文物，并有一個陳列新發掘文物的小展室。
敦煌市博物館，藏有該地區發掘的寫本和文物，其中一些藏品對公眾展出。
敦煌研究院敦煌石窟文物保護研究陳列中心，位于莫高窟，包括一些復制的洞窟和出土文物、寫本。
吐魯番博物館，藏有許多高昌和其他本地遺址出土的文物，有從阿斯塔那墓葬出土的絲綢、隨葬品和木乃伊。
新疆博物館（烏魯木齊），藏有豐富的中亞文物，有公元前2世紀至公元2世紀的絲綢、織錦、刺繡品的斷片，毛毯，木器，陶器等，均來自樓蘭和尼雅遺址；有來自和闐和吐魯番的絲織品、寫有婆羅米和佉盧文字的佛經木片；有從阿斯塔那墓出土的7至10世紀錦鞋、絲綢和麻布；也有谷物、堅果、干果、饢餅和陶俑的樣本。該博物館藏有超過10具沙漠古墓中發掘的木乃伊，其中最有名的是“樓蘭美人”。目前已建設新館，但一些藏品仍然留在舊館展出。
喀什絲綢之路博物館，所藏的中亞文物中有商代青銅器和周代木制墓葬小雕像等。
上海博物館，辟有一個絲綢之路中亞古國錢幣的特藏室，這些錢幣由杜維善、譚端言伉儷（Mr and Ms. Roger and Linda Doo）捐贈。
